36協定については、労働基準法第36条により従業員の過半数で組織する労働組合（労働組合がないときは、従業員の過半数を代表する者）との間で協定を締結し、労働基準監督署長へ届出なければなりません。

36協定は、所轄の労働基準監督署長へ届出てはじめて有効となるわけですから、協定があっても、届出ていなければやはり同法違反となります。

36協定を届出しないで、1週40時間・1日8時間（法定労働時間）を超えて働かせると、労働基準法違反となって6ヶ月以下の懲役又は30万円以下の罰金が科せられます。

余談ですが、労働基準法第36条に規定されていることから「36協定（サブロク協定）」と呼ばれています。

36協定は、労基法第８条の「事業場」単位で締結します。

労基法の適用単位である「事業場」は、「主として場所的観念によって決定すべきもので、同一場所にあるものは原則として１個の事業として、場所的に分散しているものは原則として別個の事業。」（基発第）として取扱われます。

36協定は、この「事業場」単位で締結することとなるので、数事業場を擁する企業にあっても協定は、それぞれの事業場毎に締結し、それぞれを所轄する労働基準監督署長へ届出しなければなりません。

労働基準法第36条は、

時間外労働・休日労働を無制限に認める趣旨ではなく、必要最小限にとどめるべきものであり、そのために「限度時間」を定め時間外労働・休日労働時間がこれを超えてはならないとしています。

しかし、限度時間を超えて労働時間を延長しなければならない「特別の事情」が生じたときは、一定期間として協定されている期間ごとに、労使当事者間において定める手続きを経て、限度時間を超える一定の時間（「特別延長時間」といいます）まで労働時間を延長することができる旨を協定すれば（この場合の協定を「特別条項付き協定」といいます）、一定期間についての延長時間は限度時間を超える時間とすることができます。